Stella Arabatzoglou nació en Rethymnon en 1970, donde comenzó su carrera musical en la Orquesta Filarmónica. Estudió saxofón en el Conservatorio Athenaeum con N. Ginos y T. Kerkezos, de cuya clase se graduó con «Excelentes Honores y Primer Premio». También estudió teoría con H. Xanthoudakis y D. Diamantopoulos. Ha asistido a clases magistrales con J. Y. Fourmeau, D. Campbell y G. Mc Crystall, así como a seminarios sobre expresión poliartica y música del siglo XX.
Ha colaborado con la Orchestra d’Harmonie des Jeunes de la UE, la Orquesta de Amigos de la Música «Camerata», la Joven Orquesta Sinfónica de Atenas, la Orquesta Sinfónica Municipal de Atenas, la Orquesta Sinfónica de la Radio Griega y la Orquesta Estatal de Atenas bajo la dirección de J. Cober, A. Balta, A. Myrat, V. Fidezi, P. Sergiou, D. Owens, L. Karytino, W. Rousso, T. Brocks, etc.
Como solista, ha actuado con el Quinteto Tal, la Joven Orquesta Sinfónica de Atenas, la Orquesta de Cuerda del Ayuntamiento de Atenas, la Camerata del Ayuntamiento de Cholargos y la Leipzig Rundfunk-Blasorchester, etc. Ha sido miembro del Cuarteto de Saxofones de Theodoros Kerkezos, del Cuarteto de Saxofones de Atenas, del Modus Ensemble, de la Orquesta «Oasis» y de la Big Band del Ayuntamiento de Atenas. Ha estrenado obras solistas y de cámara de compositores griegos contemporáneos, muchas de ellas dedicadas a ella. Actualmente es profesora de saxofón en los conservatorios Athenaeum y Kodály.

Es saxofonista principal de la Orquesta Filarmónica Municipal de Atenas. En 2004 fundó el ATHENAEUM SAXOPHONE QUARTET, del que es directora artística.